Итак, чтобы изменить количество товара в сравнении на своё значение находим контроллер модуля сравнений, он лежит тут: /catalog/controller/product/compare.php.
В файле ищем следующую строку:
if (count($this->session->data['compare']) >= 4)
и меняем 4 на нужное вам количество.
Всем спасибо за внимание.